El edificio, del siglo XVIII, es el resultado de muchas ampliaciones y reformas desde la construcción de su primitiva capilla, mandada construir por un personaje de la nobleza malagueña, Antonio Tomás Guerrero Coronado y Zapata II conde de Buenavista.
La primera piedra fue colocada el 3 de marzo de 1720 en la Plaza de los Canteros, junto a calle Gaona, llegando a culminar la obra diez años más tarde en lo que fue una capilla de pequeñas dimensiones. A partir de este momento, las solicitudes de diferentes órdenes religiosas para ocupar la capilla eran cuantiosas, pero el conde las rechazó una a una, interesándose y finalmente concediéndola a la orden de los filipenses, ya que el conde sintió una premonición cuando estos pidieron instalarse en la capilla, debido a que pensaba encomendarla a San Felipe Neri. La petición de que esta capilla fuera ocupada por esta orden, fue llevada a cabo por el cardenal Gaspar de Molina, haciéndola presente mediante una carta el 11 de noviembre de 1738.
A principios de julio del año siguiente, el conde de Buenavista cede a los Padres Filipenses la iglesia, compuesta por una capilla superior y otra subterránea, una sacristía, numerosas ornamentaciones, esculturas, pinturas, una vivienda situada junto a la iglesia, y varias casas situadas en calles aledañas para el sostenimiento de la congregación. También cedió el uso de la capilla subterránea a la orden “Escuela de Jesús”, aunque esta fuera propiedad de los filipenses. El 11 de julio de 1739, se efectuó una procesión desde la catedral a la capilla, en la que participaron los dos cabildos, cofradías, parroquias y comunidades religiosas, un día más tarde se llevaba a cabo la primera misa oficial en la capilla.
Las dimensiones de la nueva capilla eran bastantes reducidas, por lo que el cardenal Molina determina la necesidad de una ampliación, cuyos gastos correrían a cargo del conde de Buenavista, pero la muerte de ambos en 1744 y 1745 respectivamente, frustró el proyecto. La idea siguió viva con la llegada del padre Rojas a la congregación de San Felipe, que consiguió con la ayuda de la donación del obispo Juan de Eulate el ensanche y ampliación de la iglesia y casa de estudios. Nuevamente el proyecto se ve truncado por la muerte del obispo, quedándose la congregación sin patrimonio para la realización de las obras. Tras la muerte de este se pueden hacer efectivos cuarenta mil ducados, gracias a unas gestiones llevada a cabo en Madrid por el Padre Rojas, que fueron muy importantes para el reinicio de las obras.
Para la construcción de la casa de estudios se adquirieron cinco casas contiguas al convento que posteriormente fueron derruidas en 1750, en un año recaudaron cincuenta y cinco mil reales de diversos donantes, lo que permitió el comienzo de las obras. Las primeras trazas del proyecto las realizó el arquitecto José de Bada y Navajas, dirigiendo las obras Antonio Ramos, siendo este último el autor de los planos, ambos artífices de la Catedral de Málaga. Las obras fueron llevadas a cabo por el maestro Tomás Valenzuela, que murió antes de terminar de solar el patio, tarea que culminó su sobrino, Joaquín Daniel.
Hasta 1756, no se les otorga la licencia para las obras de la casa de estudio por temor a que afectara a las conducciones de agua de las calles de esta zona. Una vez obtenida la licencia, y gracias a las casas donadas por el conde Buenavista junto con las numerosas limosnas otorgadas por los fieles, dan comienzo las obras un año más tarde coincidiendo con la muerte del padre Rojas, teniendo que ser detenidas en 1758 por falta de medios, no obstante se siguieron realizando tareas de escasas envergaduras.
En 1771, se reanudan las obras dando comienzo a una segunda fase en la que intervinieron grandes figuras de la arquitectura barroca, como el arquitecto Ventura Rodríguez, el cual se limitó a aprobar las obras ya realizadas y a proponer ligeros cambios, y Martín de Aldehuela, posiblemente realizador unánime de la sacristía.1 Las obras culminaron en 1785, pero Martín de Aldehuela no comenzó a realizar el tabernáculo hasta cinco años más tarde. En 1795, la culminación del tabernáculo y el altar mayor fueron celebrados con una procesión para colocar al Santísimo en el altar mayor.
