Pièce d.16 - Misas aplicadas en la iglesia de San Juan.

La Parroquia de San Juan Bautista, de gran valor histórico, fue una de las cuatro parroquias erigidas por los Reyes Católicos (junto con las iglesias del Sagrario, de Santiago y de los Santos Mártires) después de la conquista de la ciudad en 1487. Corresponde a una zona populosa, al congregar a los antiguos arrabales de la ciudad islámica. Inicialmente, la iglesia tenía una nave y otra colateral, edificadas según los estilemas arquitectónicos propios del gótico en la época de los Reyes Católicos, con elementos mudéjares y arcos apuntados sobre pilares. Tenía una torre terminada en 1543.
Por iniciativa del obispo Bernardo Manrique, en 1554 el maestro mayor de la catedral Diego de Vergara dio instrucciones para comenzar obras de gran envergadura que consistieron en el derribo de la nave mayor desde el arco toral y en la prolongación de la iglesia en doce varas; además, se suprimieron los arcos apuntados por otros de medio punto sobre pilares. Las dos naves se cubrieron con armadura —que subsiste oculta por encima de la bóveda actual y debajo de la cubierta— realizada según la técnica mudéjar: par y nudillo decorado de lazo con almizate en tramos cuadrados.
En 1620, se hizo la otra nave colateral y la capilla mayor según trazas de Pedro Díaz de Palacios. El terremoto de 1680 derribó su torre, que fue reedificada, por etapas, entre 1732 y 1776. La magnífica torre-pórtico da acceso a la iglesia por la nave lateral derecha, bajo un arco de medio punto con clave amensulada y puntas de diamantes en las enjutas. El pórtico es rectangular con bóveda elíptica. La torre consta de tres cuerpos limitados verticalmente por pilastras planas y sesgadas en ángulo, separadas por impostas de efecto reverberante y perfil sinuoso, que se marca en los salientes acornisados de los balcones.
El 12 de mayo de 1931, durante la llamada quema de conventos, la iglesia de San Juan fue atacada poco después del mediodía; a la una y media, ya estaba destrozada. Entre las pérdidas sufridas en aquella tragedia figuran tallas del Cristo de la Columna, de la Exaltación, y de Ánimas; una Purísima policromada de escuela granadina, san Juan Bautista y san Juan Evangelista de la escuela de Alonso Cano; una Virgen de la Antigua (todas estas esculturas eran del siglo XVII); un san José del siglo XVIII que, al igual que la Virgen, había sido restaurado por Palma; un óleo de la Virgen del Rosario, atribuido a Murillo; cinco lienzos religiosos de la escuela de Valdés Leal; una cruz procesional grande de carey y plata (s. XVIII); las capillas de Jesús de los Azotes y Columna y de san Antonio de Padua; un estandarte bordado del siglo XVIII y parte del archivo parroquial que comenzó en 1520.4​
Un incendio se desató en 1980 en capilla de la Exaltación; las llamas consumieron las imágenes del Cristo de la Exaltación, de María Santísima de Lágrimas y Favores, de Nuestra Señora del Mayor Dolor y san Juan Evangelista, esta última de Fernando Ortiz. Todas estas esculturas eran del siglo XVIII.
Entre 2005 y 2009 se llevaron a cabo unas obras de restauración en el interior del templo, que han consistido en la mejora de las bóvedas, que tenían filtraciones de agua y la eliminación de un repinte en las paredes, con lo que la iglesia ha pasado del color beige al blanco original.