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La política ilustrada de finales del siglo XVIII marca un período muy difícil en la vida de las cofradías. La Real Pragmática del Conde de Aranda de 1783, o la llamada “Desamortización de Godoy” de 1788, fiscalizan a las Hermandades, reduciendo su número, enajenando sus bienes y supervisando sus estatutos. Esta situación provoca, después de un largo pleito ante la Real Chancillería de Granada, la agregación en 1801 de la Hermandad de los Dolores a la Archicofradía Sacramental de San Juan, acontecimiento que paradójicamente, fue sin duda afortunado para ambas corporaciones. Las nuevas leyes también prohíben las inhumaciones en el interior de los templos y la Archicofradía adquiere un panteón en el nuevo cementerio de San Miguel para poder seguir asistiendo de entierro a sus hermanos.
La Guerra de la Independencia y las Desamortizaciones suponen una considerable pérdida del patrimonio de la iglesia y de las Cofradías, y provocan una gran transformación de la trama urbana, al desaparecer la Málaga conventual. En estos difíciles años la Archicofradía hace su última Estación de Penitencia en la S.I.C.B. en 1867, limitando desde entonces sus cultos al interior de la parroquia, decisión reflejada por escrito en las Reglas de 1897.
Una época dorada de las cofradías, en el primer tercio del siglo XX, se verá truncada con la quema de iglesias y conventos de mayo de 1931, y más tarde en 1936, sucesos en los que desaparece la imagen de Nuestra Señora y buena parte del Patrimonio de la Hermandad. Afortunadamente se salvan el Archivo, uno de los conjuntos documentales más importantes del patrimonio cofrade de Andalucía, y algunos enseres. Pero lo más significativo es que la corporación logró sobreponerse a tan graves sucesos, continuó con sus cultos organizando los Septenarios, se consiguió una nueva imagen, donada por D. Antonio Pons en 1941, e incluso se adquirió un nuevo retablo para la capilla. Gracias a hermanos como D. Alfonso Soria Álvarez y D. Carlos Rubio Goux, la Archicofradía continuaba en funcionamiento en 1977, solo once años faltaban para conmemorar cinco siglos de existencia.
En mayo de 1977 un grupo de jóvenes solicitaron su ingreso en la Archicofradía, compuesta entonces por las familias de D. Alfonso Soria y D. Carlos Rubio, con ellos se produce una auténtica revitalización de la corporación acometiendo la reforma de los estatutos y restituyendo el culto público. El 24 de marzo de 1978 la Archicofradía de Nª.Sª. de los Dolores volvía a salir en procesión y dos meses después era admitida en el seno de la Agrupación de Cofradías de Málaga. La corporación vivirá momentos muy intensos como la reforma de Estatutos de 1984 por la que se incorpora la advocación del Santísimo Cristo de la Redención. La imagen del Cristo, realizada por Juan Manuel Miñarro, saldrá en procesión por primera vez en 1988, fecha en la que también se recupera para la Hermandad la Estación de Penitencia en la Catedral.
La actividad de la Archicofradía con respecto a la Parroquia seguirá siendo muy intensa tanto en lo referente a la conservación del templo, restaurando en 1997 la Capilla Sacramental, en la que se entroniza al Cristo de la Redención, y en 1998 la Capilla y el retablo de Nª.Sª. de los Dolores; como en la atención a los más desfavorecidos, creando la Bolsa de Caridad y participando muy activamente en la fundación de Caritas Parroquial; como con respecto a los cultos, los dedicados a Nª.Sª. de los Dolores, al Cristo de la Redención, y a Jesús Sacramentado, que se desarrolla a lo largo de todo el año.